X
Forgot Password

If you have forgotten your password you can enter your email here and get a temporary password sent to your email.

FreeSurfer

A set of automated tools for reconstruction of the brain's cortical surface from structural MRI data, and overlay of functional MRI data onto the reconstructed surface. It contains a fully automatic structural imaging stream for processing cross sectional and longitudinal data. FreeSurfer provides many anatomical analysis tools, including: representation of the cortical surface between white and gray matter, representation of the pial surface, segmentation of white matter from the rest of the brain, skull stripping, B1 bias field correction, nonlinear registration of the cortical surface of an individual with a stereotaxic atlas, labeling of regions of the cortical surface, statistical analysis of group morphometry differences, and labeling of subcortical brain structures and much more ... FreeSurfer is brought to you by the Athinoula A. Martinos Center for Biomedical Imaging.

URL: http://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/

Resource ID: nif-0000-00304     Resource Type: Resource     Version: Latest Version

Keywords

birn, functional, segmentation, surface analysis, visualization, volume, warping, functional, fmri, automated tool, brain, cortical surface, reconstruction, structural mri, neuroimaging, image reconstruction, anatomic, spatial transformation, gaussian curvature, mean curvature, thickness, image display, surface rendering

Additional Resource Types

image analysis software, data visualization software

Availability

FreeSurfer License

Resource PubMed IDs

PMID: 17341309, PMID: 18079129, PMID: 18550622, PMID: 18632739, PMID: 18958219, PMID: 18978780, PMID: 19205678, PMID: 19289173, PMID: 19352444, PMID: 19420007, PMID: 19460794, PMID: 19559801, PMID: 19592570, PMID: 19636426, PMID: 19679189, PMID: 19698138, PMID: 19707517, PMID: 19787067, PMID: 19826494, PMID: 19876406, PMID: 20043859, PMID: 20056156, PMID: 20215478, PMID: 20352085, PMID: 20375074, PMID: 20385243, PMID: 20410712, PMID: 20410712, PMID: 20487539, PMID: 20522270, PMID: 20577631, PMID: 20580129, PMID: 20589235, PMID: 20660419, PMID: 20699229, PMID: 20725521, PMID: 20725521, PMID: 20727757, PMID: 20829245, PMID: 20829245, PMID: 20884360, PMID: 20886094, PMID: 20935035, PMID: 20942940, PMID: 20954428, PMID: 20969964, PMID: 21048895, PMID: 21048942, PMID: 21060689, PMID: 21124764, PMID: 21152081, PMID: 21186358, PMID: 21359177, PMID: 21364772, PMID: 21373360, PMID: 21423423, PMID: 21430796, PMID: 21430796, PMID: 21430796, PMID: 21430796, PMID: 21430796, PMID: 21437232, PMID: 21483430, PMID: 21547716, PMID: 21584256, PMID: 21629791, PMID: 21647211, PMID: 21647211, PMID: 21712987, PMID: 21749494, PMID: 21773026, PMID: 21811454, PMID: 21814561, PMID: 21829681, PMID: 21833280, PMID: 21860791, PMID: 21894151, PMID: 21894151, PMID: 21897815, PMID: 21908872, PMID: 21912680, PMID: 21931650, PMID: 21936901, PMID: 21940605, PMID: 21949507, PMID: 21977015, PMID: 22016733, PMID: 22021878, PMID: 22127933, PMID: 22127933, PMID: 22127933, PMID: 22127933, PMID: 22127933, PMID: 22136635, PMID: 22173294, PMID: 22216343, PMID: 22281671, PMID: 22303478, PMID: 22319495, PMID: 22319495, PMID: 22319495, PMID: 22319495, PMID: 22319495, PMID: 22347490, PMID: 22355403, PMID: 22363554, PMID: 22366791, PMID: 22373370, PMID: 22393318, PMID: 22470336, PMID: 22470360, PMID: 22473874, PMID: 22479458, PMID: 22479566, PMID: 22481909, PMID: 22481909, PMID: 22481909, PMID: 22481909, PMID: 22481909, PMID: 22481909, PMID: 22481909, PMID: 22481909, PMID: 22481909, PMID: 22481909, PMID: 22481909, PMID: 22481909, PMID: 22493571, PMID: 22535907, PMID: 22536413, PMID: 22551361, PMID: 22593738, PMID: 22607202, PMID: 22615876, PMID: 22615886, PMID: 22615955, PMID: 22654746, PMID: 22658599, PMID: 22664957, PMID: 22675310, PMID: 22675527, PMID: 22675527, PMID: 22692142, PMID: 22693642, PMID: 22719849, PMID: 22721958, PMID: 22731740, PMID: 22802944, PMID: 22826609, PMID: 22826609, PMID: 22826609, PMID: 22832956, PMID: 22860044, PMID: 22860067, PMID: 22867031, PMID: 22880000, PMID: 22880116, PMID: 22890700, PMID: 22920586, PMID: 22937122, PMID: 22952849, PMID: 22958316, PMID: 22962490, PMID: 22969710, PMID: 22973250, PMID: 22973250, PMID: 22988433, PMID: 23006986, PMID: 23028771, PMID: 23029115, PMID: 23029115, PMID: 23029115, PMID: 23029115, PMID: 23049695, PMID: 23056945, PMID: 23071638, PMID: 23071654, PMID: 23087654, PMID: 23125828, PMID: 23133666, PMID: 23152828, PMID: 23162188, PMID: 23162453, PMID: 23185334, PMID: 23185621, PMID: 23189084, PMID: 23222445, PMID: 23226114, PMID: 23226127, PMID: 23226269, PMID: 23227001, PMID: 23227001, PMID: 23227001, PMID: 23239964, PMID: 23251669, PMID: 23263472, PMID: 23267318, PMID: 23267320, PMID: 23284783, PMID: 23284904, PMID: 23296187, PMID: 23308283, PMID: 23326379, PMID: 23355112, PMID: 23358158, PMID: 23359616, PMID: 23401776, PMID: 23401776, PMID: 23406822, PMID: 23437228, PMID: 23463013, PMID: 23486659, PMID: 23505502, PMID: 23508528, PMID: 23533586, PMID: 23551922, PMID: 23555895, PMID: 23558337, PMID: 23578686, PMID: 23593231, PMID: 23613741, PMID: 23613741, PMID: 23616742, PMID: 23626743, PMID: 23648965, PMID: 23675456, PMID: 23684858, PMID: 23717572, PMID: 23723706, PMID: 23734202, PMID: 23755254, PMID: 23760360, PMID: 23761780, PMID: 23762193, PMID: 23762308, PMID: 23776631, PMID: 23776631, PMID: 23785397, PMID: 23785397, PMID: 23785485, PMID: 23785657, PMID: 23803260, PMID: 23805096, PMID: 23805098, PMID: 23805179, PMID: 23809257, PMID: 23823184, PMID: 23825453, PMID: 23826273, PMID: 23840184, PMID: 23840493, PMID: 23860484, PMID: 23861951, PMID: 23866851, PMID: 23874398, PMID: 23874403, PMID: 23874692, PMID: 23874696, PMID: 23874936, PMID: 23878736, PMID: 23880882, PMID: 23887643, PMID: 23887643, PMID: 23888133, PMID: 23919088, PMID: 23922939, PMID: 23922939, PMID: 23936292, PMID: 23956957, PMID: 23964245, PMID: 23965184, PMID: 23967170, PMID: 23982596, PMID: 24009767, PMID: 24014446, PMID: 24024963, PMID: 24025315, PMID: 24039777, PMID: 24040118, PMID: 24040166, PMID: 24040196, PMID: 24040262, PMID: 24058401, PMID: 24068765, PMID: 24073235, PMID: 24073270, PMID: 24073391, PMID: 24086243, PMID: 24098564, PMID: 24098564, PMID: 24098564, PMID: 24099844, PMID: 24121203, PMID: 24121634, PMID: 24130724, PMID: 24130887, PMID: 24133436, PMID: 24141314, PMID: 24144356, PMID: 24146656, PMID: 24155730, PMID: 24171045, PMID: 24171759, PMID: 24179750, PMID: 24179765, PMID: 24179768, PMID: 24179768, PMID: 24179768, PMID: 24179779, PMID: 24179782, PMID: 24179799, PMID: 24179799, PMID: 24179811, PMID: 24179815, PMID: 24179815, PMID: 24179830, PMID: 24179837, PMID: 24204657, PMID: 24205009, PMID: 24223109, PMID: 24260210, PMID: 24260210, PMID: 24260229, PMID: 24260229, PMID: 24265612, PMID: 24266007, PMID: 24273408, PMID: 24273501, PMID: 24273501, PMID: 24273707, PMID: 24273708, PMID: 24273708, PMID: 24273717, PMID: 24273724, PMID: 24278317, PMID: 24278382, PMID: 24319655, PMID: 24332820, PMID: 24349280, PMID: 24376684, PMID: 24376719, PMID: 24376742, PMID: 24386081, PMID: 24392009, PMID: 24392009, PMID: 24392272, PMID: 24407503, PMID: 24409139, PMID: 24416009, PMID: 24416143, PMID: 24416184, PMID: 24416245, PMID: 24427112, PMID: 24432000, PMID: 24454765, PMID: 24454765, PMID: 24465557, PMID: 24466177, PMID: 24466177, PMID: 24466177, PMID: 24466177, PMID: 24473557, PMID: 24474988, PMID: 24475088, PMID: 24478669, PMID: 24478691, PMID: 24489639, PMID: 24490167, PMID: 24498184, PMID: 24498354, PMID: 24501700, PMID: 24501701, PMID: 24505468, PMID: 24548877, PMID: 24550710, PMID: 24550794, PMID: 24561387, PMID: 24578688, PMID: 24578695, PMID: 24586770, PMID: 24586801, PMID: 24592234, PMID: 24602322, PMID: 24604691, PMID: 24611042, PMID: 24624052, PMID: 24624328, PMID: 24625888, PMID: 24633348, PMID: 24645731, PMID: 24653952, PMID: 24658422, PMID: 24661349, PMID: 24663006, PMID: 24667541, PMID: 24671208, PMID: 24683508, PMID: 24709970, PMID: 24713364, PMID: 24713859, PMID: 24715957, PMID: 24718105, PMID: 24723876, PMID: 24734233, PMID: 24761228, PMID: 24789257, PMID: 24816735, PMID: 24818077, PMID: 24847245, PMID: 24865593, PMID: 24904268, PMID: 24904351, PMID: 24907483, PMID: 24918069, PMID: 24932546, PMID: 24936410, PMID: 24939237, PMID: 24939237, PMID: 24944871, PMID: 24947491, PMID: 24959141, PMID: 24967157, PMID: 24968356, PMID: 25003031, PMID: 25003032, PMID: 25010186, PMID: 25012224, PMID: 25018716, PMID: 25045379, PMID: 25057465, PMID: 25057466, PMID: 25057467, PMID: 25068109, PMID: 25068110, PMID: 25071484, PMID: 25071515, PMID: 25083902, PMID: 25086839, PMID: 25110675, PMID: 25120423, PMID: 25120447, PMID: 25126064, PMID: 25140149, PMID: 25141298, PMID: 25165824, PMID: 25166875, PMID: 25188448, PMID: 25226172, PMID: 25251441, PMID: 25258037, PMID: 25273998, PMID: 25275322, PMID: 25285560, PMID: 25309433, PMID: 25343503, PMID: 25360100, PMID: 25365802, PMID: 25368547, PMID: 25375933, PMID: 25379423, PMID: 25379443, PMID: 25383319, PMID: 25386919, PMID: 25401177, PMID: 25405994, PMID: 25414635, PMID: 25414852, PMID: 25422659, PMID: 25422929, PMID: 25426059, PMID: 25426062, PMID: 25426935, PMID: 25429257, PMID: 25432022, PMID: 25437873, PMID: 25463618, PMID: 25469101, PMID: 25505670, PMID: 25505869, PMID: 25514366, PMID: 25566178, PMID: 25610761, PMID: 25610779, PMID: 25610783, PMID: 25610790, PMID: 25610793, PMID: 25615578

Abbreviation

FreeSurfer

Synonyms

NITRC: The Source for Neuroimaging Tools and Resources - FreeSurfer

Parent Organization

Curation Status

curated

Listed By

NITRC, Biositemaps

Supercategory

Resource

Resource Status

Last checked up;

Original Submitter

Anonymous

Version Status

Curated

Submitted On

12:00am September 21, 2010

Originated From

SciCrunch

Changes from Previous Version

First Version

Version 1

Created 4 years ago by Anonymous